Ännu en allvarlig anklagelse gällde kätteri. Den riktades mot mu'taziliternas försök att tolka Koranens utsagor om exempelvis återuppståndelsen på Domedagen metaforiskt. Filosofen Ibn Sina/Avicenna (ca 980–1037) framhöll att en fullständig kroppslig återuppståndelse efter döden var omöjlig. Den andalusiske filosofen Ibn Rushd/Averroës (1126–1198) hävdade att det var helt otänkbart att föreställa sig att människan skulle återuppstå i samma gestalt efter döden. Han menade att en bild av människan kommer att återuppstå på Domens dag.
Sufismen och religiös ortodoxi ersatte under lång tid det rationalistiska och historiekritiska experimentet i den muslimska debatten. Tillsammans bidrog de till att hålla det kritiska tänkandet tillbaka.
Institutioner och spridning till närliggande områden
Trots detta avsteg fortsatte den islamiska civilisationen att utvecklas som en skriftburen kulturtradition. Under den inledande perioden översattes och skrevs en uppsjö böcker om religion – teologi, rättskunskap, hadith-kunskap, semantik, filologi, lexikonografi m.fl. – och diverse naturvetenskapliga områden som medicin, farmakologi, medicinalväxter, anatomi, samt biografiska verk på pergamentblad, papyrusrullar eller papper tillverkade av lump, men också på fint papper från Kina. Böckerna spreds utanför de religiösa centra och var tillgängliga för en större läsekrets i moskébiblioteken, hos mecenater, hos lärocentras boksamlingar eller i privata boksamlingar. Det faktum att böckerna dessutom mångfaldigades i skrivarstugor gjorde att böckerna spreds utanför kärnområdena Bagdad, Damaskus, Kairo, och nådde de mest avlägsna delarna av det islamiska riket. Att inrätta bibliotek med stora boksamlingar blev med tiden en symbol för framsteg och makt.
Den skriftburna kulturtraditionens utveckling var unik för den arabiska halvön, den tidigare muntliga traditionen lämnade i allt större omfattning plats för böcker i skiftande ämnen. Muslimerna var visserligen inte först med att utveckla denna tradition, men de kom att bidra till att den utvecklades i stor omfattning. I samband med det islamiska rikets expansion kom muslimska lärde i kontakt med boksamlingar i större eller mindre bibliotek i Bysans, Egypten, det persiska riket och andra högkulturer. En av de institutioner muslimska lärda kom i kontakt med var det persiska lärdomscentrat Jondishapour, som var ett kulturellt och vetenskapligt centrum i det sassanidiska Persien. Jondishapor lockade till sig lärda från hela det afro-euroasiatiska kulturområdet och samlade den tidens lärdom från Indien, Egypten, Persien, Grekland m.fl. Så som i många andra sammanhang visade muslimerna stort intresse för att omhulda, inkorporera och vidareutveckla denna tradition. Mot slutet av 1200-talet hade traditionen med att inrätta lärda och kulturella centrum spridit sig över hela det vidsträckta islamiska riket.
En av de institutioner som upplevde en renässans var biblioteken. Att uppföra bibliotek, både i form av moskébibliotek som var tillgängliga för den läskunniga allmänheten och forskningsbibliotek för den lärda eliten med ansenliga volymer böcker, utvecklades till en väl etablerad tradition. I Bagdad, Damaskus, Kairo, Córdoba, Toledo, olika delar av Persien (Rayy, Shiraz, Isfahan, Maragheh m.m.), Nordafrika, Centralasien (Herat, Bukhara, Samarkand, Balkh m.m.) och Indien inrättades stora och små bibliotek som sammantaget omfattade hundratusentals volymer.