En tredje ståndpunkt representerad av bland annat Thomas från Aquino (ca 1225–1274), verksam vid teologiska fakulteten i Paris, kritiserade averroisterna för att ha låtit filosofin styra teologin. Thomas från Aquino ansåg att filosofin och teologin rörde två skilda områden. Filosofin hjälper oss att förstå naturen med vårt förnuft, tron däremot består av sanningar som uppenbarats av Gud och inte kan förstås med hjälp av förnuftet, menade han. Lösningen på problemet var att erkänna filosofins och teologins auktoriteter för var sitt område.
Trots kritiken ville högmedeltidens lärda inte överge det filosofiska system som de hade övertagit från muslimerna, eftersom denna sammanhängande världsåskådning erbjöd en genomtänkt och rationalistiskt grundad bild av världen. De kunskaperna användes för att förklara mikrokosmos och makrokosmos, den lilla och den stora världen, människokroppens funktion och himlakropparnas rörelser. Det var emellertid inte bara det filosofiska systemet som kristna européer tog över från muslimerna. På ytterligare ett område är muslimernas inflytande mycket uppenbart. I muslimska lärocentra hade man satt i system att ställa allting på huvudet genom en kritisk hållning. De lärda tog sig friheten att i sina diskussioner och inför varje påstående ställa följande fråga: ”Varför inte tvärtom?” Det här var en fråga som ställdes i muslimska lärocentra i såväl de religiösa som de filosofiska debatterna. Det här var en tradition som såg till att alla röster skulle få komma till tals och gjorde det möjligt att föra ett samtal där makten inte kunde styra vad det var som fick sägas och vem som deltog i debatten. Vid de nyetablerade europeiska universiteten hämtade man inspiration från denna tradition. Det här var en tradition som så småningom gick i graven i muslimska lärocentra när ortodoxin bredde ut sig och ställde de fria och konventionsbrytande argumentväxlingarna åt sidan.
Under tiden för korstågen uppfattade det kristna Europa den muslimska världen som sin bittra politiska och ideologiska antagonist. Kristenhetens företrädare såg inte på islam som en fullvärdig religion, men framför allt ville de bekämpa muslimernas politiska och militära herravälde. Det fanns emellertid ett område som de inte ansåg sig behöva bekämpa muslimerna. Det gällde deras vetenskapliga och filosofiska kompetens. I det avseendet hade de mycket att lära av muslimerna. Det muslimska vetenskapliga och filosofiska arvet blev utgångspunkten för europeiska tänkare som lade grunden för den vetenskapliga revolutionen under 1600-talet. Den vetenskapliga utvecklingen i Europa förstärktes efterhand genom bland annat tryckkonstens spridande, universitetens etablering samt gynnsamma ekonomiska förhållanden. Européerna byggde upp en ny världsbild med nya kritiska och experimentella metoder vars förebilder hämtades från den muslimska lärda traditionen. Denna utveckling kunde ha gått betydligt långsammare eller fått ett annorlunda förlopp om inte muslimernas vetenskapliga och filosofiska arv blivit tillgänglig för européerna.
Kontakterna mellan muslimer och européer, oavsett om det rörde sig om krigshandlingar, handel eller fredlig samexistens ingick i den förmoderna globaliseringsprocess som den muslimska civilisationen hade föranlett. Tack vare denna process utbyttes idéer, vetenskapliga traditioner, kunskaper inom förvaltning, jordbruk etc. I dessa möten var muslimerna länge de givande, men detta förhållande förändrades med början från 1500- och 1600-talen.