Att införliva andra kulturers vetenskapliga portfölj i den muslimska idétraditionen var dock inte alltid problemfritt. Minst problem uppstod inom det naturvetenskapliga området, men inom filosofin var denna process kantad av diskussioner och dispyter. Det berodde på att det fanns områden som inte var förenliga med den islamiska läran. Ett exempel var den aristoteliska tanken om världens evighet, ett annat var synen på Gud som den förste röraren. Båda föreställningarna stod i skarp kontrast till islamiska föreställningar som gjorde gällande att världen skapats av Gud och att Gud är ständigt närvarande och aktiv i tillvaron.
Den klassiska striden mellan de två olika teologiska skolorna mu taziliter och ash ariter på 700- och 800-talen illustrerar detta problem. Mu'taziliterna ansåg att man skulle använda nya kunskaper och modern vetenskap, och de gav mänskligt förnuft och det logiska tänkandet företräde i sina tolkningar. Ash'ariterna ansåg däremot att varje tolkning skulle legitimeras genom hänvisning till korantexten, uttalanden och handlingar som tillskrivs profeten eller framstående religiösa auktoriteter vars tolkningar har förmedlats av en lång kedja av tradenter.
Ett av de spörsmål som diskuterades handlade om Koranens innehåll. Man ställde frågan om Koranen skulle betraktas som en oskiljbar del av Gud eller om den var en av Guds skapelser. En påföljande fråga rörde tolkningarnas karaktär, det vill säga om Koranens budskap skulle tolkas bokstavligt, metaforiskt eller på ett historiskt och kontextuellt sätt.
Mu'taziliterna ansåg att Koranen måste betraktas som en skapelse av Gud. Koranen skulle ses som historisk ha tillkommit under en bestämd tid och under specifika förhållanden. Ett sådant synsätt medför att tolkningen av Koranen måste ta hänsyn till de omständigheter som omgav dess tillblivelse. Dit hör bland annat de kulturella, ekonomiska och sociala förhållandena under denna period. Ash'ariterna som såg på Koranen som en oskiljbar del av Gud ansåg att dess innehåll i likhet med Gud var evigt och oföränderligt.
Förutom den historiska karaktären förde mu'taziliterna in ytterligare en dimension i denna diskussion, nämligen nödvändigheten av att det skulle finnas en förnuftig ordning bakom Koranens föreskrifter, en ordning som var möjlig att förstå med hjälp av mänskligt förnuft. Det rationella och logiska tänkandet var hos mu'taziliterna det viktigaste rättesnöret i den teologiska debatten. Den förnuftiga ordningen gällde inte bara Koranen utan genomsyrade allting i tillvaron. Bland annat diskuterade de frågan om människans fria vilja kontra predestinationstanken. Mu'taziliterna ansåg att människan måste förutsättas ha fri vilja, eftersom predestinationstanken strider mot en logisk och förnuftig ordning i Guds handlingar. Människan kan, enligt deras uppfattning, med hjälp av sitt förnuft skilja mellan gott och ont och sant och falskt. Mu'taziliterna hävdade att själva tanken på att människans öde skulle vara förutbestämt står i strid med en annan central tankegång i den islamiska läran, att människan kommer att återuppstå på Domedagen för att stå till svars och rannsakas för sina handlingar. Enligt denna föreställning kommer Gud att belöna eller bestraffa människan för de handlingar som hon har gjort under sitt jordeliv. Eftersom människan enligt predestinationstanken förutsätts handla utifrån en förutbestämd plan utan att kunna ingripa i den på något sätt, skulle det enligt mu'taziliterna betyda att Gud bestraffar eller belönar sig själv. Detta sågs som en helt befängd tanke eftersom Guds handlingar skulle framstå som ologiska och Gud själv som oberäknelig som leker med människans öde.